地方立法研究协同创新中心设置理事会作为中心最高决策机构，理事会每年召开1次会议，由理事长召集和主持，秘书长负责组织落实。理事会负责审议和修订中心章程；审议中心中长期发展规划；审议中心的财政预算、年度工作计划和年度工作报告；审议中心管理制度；审议学术委员会成员名单，决定学术委员会主任、副主任人选；决定吸收新的成员加入中心；决定其他须由理事会决定的重大事项。
　　理事长由市人大常委会主任兼任。理事会下设执行机构和学术委员会。执行机构由中心主任、副主任、办公室和若干研究所组成，负责日常工作，提出年度工作计划和财政预算，制定相关管理制度，组织专家完成中心的专项任务并对完成情况进行考核评估等。